Der Explorer bietet die Möglichkeit, direkt über MultiBaseCS auf die Verzeichnisstruktur des Computers zuzugreifen, auf dem die Anwendung ausgeführt wird. Das ist insbesondere dann hilfreich, wenn MultiBaseCS als Citrix- oder Remotedesktop-Anwendung betrieben wird.

Über das Explorerfenster können Zip-Dateien entpackt bzw. mehrere Dateien wieder als Zip-Datei verpackt, verschoben, kopiert oder auch gelöscht werden.